Het oudste spoor van het kasteel Tivoli is een arduinen gedenksteen uit 1802, aangebracht in het souterrain. In die tijd was het domein eigendom van brouwer Corneel Scheppers, telg uit een vooraanstaand Mechels geslacht. Tien jaar eerder, in 1792, had Scheppers een reis gemaakt naar Rome. Tijdens die tocht bezocht hij het stadje Tivoli, bekend om zijn vijvers en fonteinen. Geïnspireerd door die pracht besloot hij na zijn terugkeer om op zijn eigen domein een landhuis te bouwen, dat hij in 1802 voltooide en de naam ‘Tivoli’ gaf. Het diende als buitenverblijf, een plaats van rust en ontspanning.
In 1841 liet hij zijn buitenverblijf over aan zijn jongste zoon Victor, beter bekend als Monseigneur Scheppers. Het domein heeft een belangrijke rol gespeeld in zijn leven en werk. In een bijgebouw op het terrein gaf hij kinderen uit de buurt les in lezen, schrijven en geloof. Na zijn overlijden in 1877 veranderde Tivoli opnieuw van eigenaar. Het kwam in handen van brouwer Van Diepenbeek en zijn echtgenote, die het op hun beurt nalieten aan hun zonen Louis en Leon. Leon deed afstand van zijn deel, waardoor Louis de enige eigenaar werd. Toen hij in 1937 overleed, erfde zijn dochter Renée het kasteel. Zij kwam er wonen na de dood van haar man, Charles Degraux. Op 22 januari 1978 stierf Renée, en met haar vertrek brak een beslissend hoofdstuk aan voor Tivoli. Haar dochter Andrée liet het domein na aan haar vijf kinderen, die het nog datzelfde jaar verkochten aan de Stad Mechelen.
In het najaar van 1990 krijgt Tivoli een onverwachte artistieke metamorfose. Kunstenaar Jan Fabre bekleedt de volledige gevels met vellen papier, elk met de hand ingekleurd in blauw balpenpatroon, een tijdelijk kunstwerk dat veel aandacht trekt. Een jaar later, in 1991, wordt in het gebouw een horecazaak geopend, waardoor het domein weer een levendige ontmoetingsplek wordt.
De officiële erkenning volgt in 1997. Het kasteel zelf wordt beschermd als monument, terwijl het omliggende park en de bijgebouwen als beschermd stadsgezicht worden opgenomen. Zo blijft Tivoli, ooit ontstaan als een romantisch buitenverblijf, bewaard als een levend stukje erfgoed in het groene hart van Mechelen.