Op de plaats van het huidige Blankaartdomein bevond zich oorspronkelijk een uitgestrekte vijver, ontstaan door turfwinning. Deze activiteit gaat minstens terug tot de dertiende eeuw en mogelijk zelfs tot een eerdere periode. Turf was in de middeleeuwen een belangrijke brandstof, en de ontginning ervan leidde in de IJzervallei tot talrijke laaggelegen waterplassen en moerassige landschappen. De Blankaartvijver is één van de meest markante overblijfselen van deze eeuwenoude landschappelijke ingrepen.
In 1863 verwierf Gustave baron de Coninck de Merckem het Blankaartdomein, strategisch gelegen aan de rand van de IJzervallei. Hij liet er een kasteel bouwen dat zowel diende als residentie als symbool van zijn maatschappelijke status. Het ontwerp van het kasteel werd toevertrouwd aan architect Schadde uit Antwerpen, die bekend stond om zijn historiserende stijl en zijn werk voor de adel en de gegoede burgerij. Voor de aanleg van het park werd een Brusselse landschapsarchitect aangesteld, die het domein vormgaf volgens de principes van de Engelse landschapsstijl. Slingerwegen, open graspartijen, waterpartijen en zorgvuldig geplaatste boomgroepen creëerden een natuurlijk ogend, maar doordacht gecomponeerd geheel dat harmonieus aansloot bij het omliggende valleilandschap.
Na het overlijden van Gustave de Coninck de Merckem in 1895 ging het volledige domein over op zijn echtgenote Melanie Verhaeghe. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd het kasteel zwaar getroffen door de oorlogshandelingen in de IJzervallei en uiteindelijk volledig verwoest. De strategische ligging van het domein maakte het tot een kwetsbare plek in een regio die langdurig onder vuur lag.
In 1922 werd het kasteel heropgebouwd, waarbij men opnieuw koos voor een representatieve residentie die aansloot bij het vooroorlogse karakter van het domein. Het Blankaartdomein bleef in handen van de familie. Aangezien Melanie Verhaeghe kinderloos was, liet zij het domein na haar overlijden in 1935 na aan haar geadopteerde dochter Elaine Verhaeghe, die gehuwd was met August Kempynk. Na het overlijden van haar echtgenoot liet Elaine het kasteel opnieuw verbouwen en aanpassen aan eigentijdse noden.
In 1959 stelde zij het kasteel ter beschikking van de Volkshogeschool De Blankaart, een initiatief van haar zonen Paul en Luk Kempynk. Deze volkshogeschool had tot doel vorming en educatie toegankelijk te maken voor een breed publiek, en gaf het domein een uitgesproken maatschappelijke en culturele functie. In datzelfde jaar nam de familie Kempynk een vooruitstrevend besluit door de Blankaartvijver en de omliggende rietlanden te beschermen als natuurreservaat. Daarmee behoorden zij tot de pioniers van natuurbehoud in de Westhoek.
Vandaag is het Blankaartdomein eigendom van het Agentschap Natuur en Bos. De provincie West-Vlaanderen heeft het kasteel en het omliggende domein in erfpacht en verhuurt het aan het Regionaal Landschap Westhoek. In de toekomst zal de site verder worden ontwikkeld als Het Huis van het Landschap, een ontmoetings- en kenniscentrum waar natuur, erfgoed en educatie samenkomen. Zo blijft het Blankaartdomein een levendige plek waarin eeuwen landschapsgeschiedenis, menselijk ingrijpen en hedendaags natuurbeheer met elkaar verbonden zijn.