Kasteel Wijnendale kent een buitengewoon boeiende en rijke geschiedenis. Vanaf de tijd van de eerste kruistocht tot aan de Tweede Wereldoorlog speelde deze waterburcht telkens een rol in cruciale historische gebeurtenissen.
Oorspronkelijk bevond zich hier een houten omwalde versterking, gebouwd in 1085 door de graaf van Vlaanderen, Robrecht de Fries. Zijn zoon en opvolger, Robrecht II, voltooide het bouwwerk vlak voor zijn vertrek op kruistocht. In 1278 liet graaf Gwijde van Dampierre het kasteel in steen herbouwen. Hij maakte er zijn bestuursresidentie van Vlaanderen van en ondertekende er praktisch alle charters. Toen in 1300 het Franse leger onder koning Filips de Schone Vlaanderen bezette, verbleef deze vorst van 4 tot 12 juni 1301 in Wijnendale. Een jaar later, in 1302, heroverden de Vlamingen het kasteel, ondanks de verdediging door 700 Franse soldaten. Kort daarna, op 11 juli 1302, behaalden ze een beslissende overwinning op het Franse leger in de Guldensporenslag bij Kortrijk.
Onder Jan I van Namen, de opvolger van Gwijde van Dampierre, werd Wijnedale leeggeplunderd en verwoest. Zijn kleinzoon Jan III van Namen herstelde het slot en verkocht het aan Jan zonder Vrees. Via diens dochter kwam het in handen van Adolf IV van Kleef. Onder het huis Van Kleef kende Wijnendale een hernieuwde bloeiperiode.
In 1482 bracht Maria van Bourgondië een bezoek aan het kasteel. Tijdens een jachtpartij viel zij ongelukkig van haar paard. Ze overleed kort daarna, op slechts 25-jarige leeftijd, aan haar verwondingen.
In 1811 gaf Napoleon bevel om het kasteel grotendeels te slopen. Alleen drie zijtorens en één vleugel bleven behouden. Na de Slag bij Waterloo kwam het kasteel in handen van het huis van Oranje en werd het tot 1825 gebruikt als kazerne voor Hollandse troepen.
In 1833 werd het domein gekocht door de Brusselse bankier J.P. Matthieu. Na diens dood in 1863 liet zijn zoon het slot herbouwen door architect Felix Laureys, waardoor het zijn huidige uiterlijk kreeg.
Zowel tijdens de Eerste als de Tweede Wereldoorlog werd Wijnendale bezet door Duitse troepen. In mei 1940 vond hier een laatste belangrijke historische gebeurtenis plaats, Koning Leopold III overlegde er met vier van zijn ministers over de Duitse inval. Hoewel de capitulatie nabij was, weigerde de koning om met zijn regering naar het buitenland te vluchten. Als opperbevelhebber wilde hij bij zijn troepen blijven en zich laten krijgsgevangen nemen. Deze beslissing leidde na de oorlog tot de zogenaamde Koningskwestie.
Vandaag de dag is Kasteel Wijnendale nog steeds eigendom van de familie Matthieu. Zij bewonen een deel van het kasteel, terwijl een andere vleugel sinds 1984 is ingericht als museum en toegankelijk is voor bezoekers.